総論
はじめに
1．真菌の分類学的位置
2．真菌の形態と生殖
　2.1．酵母 
　2.2．糸状菌 
　2.3．胞子
　2.4．有性胞子
　　2.4.1．卵胞子
　　2.4.2．接合胞子 
　　2.4.3． 子のう胞子
　　2.4.4． 担子胞子
　2.5．無性胞子
　　2.5.1. 遊走子
　　2.5.2．胞子のう胞子 
　　2.5.3．分生子 
3．真菌の分類
　3.1．真菌の分類体系
　3.2．有性型と無性型の学名
　3.3．命名規約改正による有性型－無性型学名の統一
4．真菌の検査法
　4.1．真菌の分離法
　　4.1.1. 寒天平板混釈法
　　4.1.2. 寒天平板塗抹法
　　4.1.3. メンブランフィルター法
　　4.1.4. 液体培養希釈法
　4.2．培地
5. 真菌の同定法
　5.1. 肉眼的観察
　5.2. 顕微鏡による観察
　5.3. スライドカルチャー
　5.4. 走査型電子顕微鏡による観察
6．分子生物学的検査
　6.1. 血清学的検査
　6.2. 遺伝子解析による分類
　6.3. 塩基配列の決定，相同性解析による同定法
　6. 4. 多相分類
7. 真菌による健康被害
　7.1. 真菌症
　　7.1.1. 表在性皮膚真菌症
　　7.1.2. 深在性皮膚真菌症
　　7.1.3. 日和見真菌症
　　7.1.4. 輸入真菌症
　7.2. アレルギー
　7.3. マイコトキシン
　　7.3.1. アフラトキシン
　　7.3.2. オクラトキシン
　　7.3.3. シトリニン
　　7.3.4. トリコテセン系マイコトキシン 
8. 真菌の有効活用
　8.1. 抗高脂血症薬
　8.2. 抗真菌剤
　8.3. 免疫抑制剤
　8.4. 免疫賦活剤
9. 真菌の製造現場での汚染
　9.1. 真菌によるトラブルの要因
　9.2. 汚染の原因となる真菌の制御
　　9.2.1 真菌の侵入防止
　　9.2.2 真菌の増殖・拡散防止
　　9.2.3 真菌汚染の除去
　9.3. トラブル発生時の対応
　9.4　真菌の制御
　　9.4.1　物理的制御
　　9.4.2　抗菌剤
10. 真菌の規格試験
　10.1. 医薬品などの微生物限度試験 
　10.2. 薬剤感受性試験

11.　真菌株の保存機関
　11.1　保存菌株の利用方法
　　11.1.1　同定のためのレファレンス株
　　11.1.2　薬剤感受性試験・耐熱試験
　　11.1.3　交配試験
　　11.1.4　分類学的研究
　　11.1.5　生物資源、遺伝子資源としての有効利用
　11.2　国内の菌株保存機関
　　11.2.1　製品評価技術基盤機構 NBRC（略称：NBRC)
　　11.2.2　理化学研究バイオリソースセンター微生物材料開発室（略称：JCM)
　　11.2.3　千葉大学真菌医学研究センター（略称：IFM)
　11.3　世界的な菌株保存機関

各論
1    Absidia corymbifera
2    Acremonium alternatum
3    Alternaria alternata
4    Aspergillus clavatus
5    Aspergillus flavus
6    Aspergillus fumigatus
7    Aspergillus nidulans
8    Aspergillus niger
9    Aspergillus ochraceus
10    Aspergillus sydowii
11    Aspergillus terreus
12    Aspergillus versicolor
13    Aureobasidium pullulans
14    Beauveria bassiana
15    Botrytis cinerea
16    Byssochlamys fulva
17    Byssochlamys nivea
18    Candida albicans
19    Candida dubliniensis
20    Candida glabrata
21    Candida krusei
22    Candida parapsilosis
23    Candida tropicalis
24    Chaetomium funicola
25    Chaetomium globosum
26    Cladophialophora bantiana
27    Cladosporium cladosporioides
28    Cladosporium sphaerospermum
29    Coccidioides immitis
30    Cryptococcus neoformans
31    Cunninghamella bertholletiae
32    Curvularia lunata
33    Eupenicillium brefeldianum
34    Eupenicillium lapidosum
35    Eurotium repens
36    Eurotium rubrum
37    Exophiala dermatitidis
38    Exophiala jeanselmei
39    Fonsecaea pedrosoi
40    Fusarium graminearum
41    Fusarium proliferatum
42    Fusarium solani
43    Fusarium verticillioides
44    Geosmithia argillacea
45    Geotrichum candidum
46    Gliocladium viride
47    Hamigera avellanea
48    Hamigera striata
49    Histoplasma capsulatum
50    Malassezia furfur
51    Microsporum canis
52    Microsporum gypseum
53    Monascus ruber
54    Myrothecium verrucaria
55    Neosartorya fischeri
56    Neosartorya glabra
57    Neosartorya hiratsukae
58    Neosartorya pseudofischeri
59    Neosartorya spinosa
60    Nigrospora sphaerica
61    Paecilomyces lilacinus
62    Paecilomyces variotii
63    Penicillium chrysogenum
64    Penicillium citrinum
65    Penicillium digitatum
66    Penicillium expansum
67    Penicillium glabrum
68    Penicillium marneffei
69    Penicillium rugulosum
70    Penicillium verrucosum
71    Pestalotiopsis disseminata
72    Phialophora verrucosa
73    Pseudallescheria boydii
74    Rhizomucor pusillus
75    Rhizopus microsporus
76    Rhizopus oryzae
77    Rhodotorula mucilaginosa
78    Saccharomyces cerevisiae
79    Schizophyllum commune
80    Scopulariopsis brevicaulis
81    Sporothrix schenckii
82    Stachybotrys chartarum
83    Talaromyces flavus
84    Talaromyces luteus
85    Talaromyces trachyspermus
86    Talaromyces wortmannii
87    Thermoascus aurantiacus
88    Thermoascus crustaceus
89    Thielavia terricola
90    Trichoderma koningii
91    Trichoderma viride
92    Trichophyton mentagrophytes
93    Trichophyton rubrum
94    Trichophyton tonsurans
95    Trichosporon asahii
96    Wallemia sebi